Stiftelsens styrande organ är styrelsen.
TYS ärenden sköts av en styrelse på tretton personer. Av styrelsens medlemmar väljer Åbo stad sju och TYS hyresgäster två (vid höstens hyresstämma). TYY väljer två medlemmar och övriga student- och elevkårer sammanlagt två medlemmar. Styrelsemedlemmarna väljs för tre år åt gången.